La comptabilité pour site ecommerce est souvent un défi : entre les ventes en ligne, les paiements des clients, les taxes, et les obligations légales, il est facile de se sentir débordé. Pourtant, une comptabilité bien tenue est essentielle pour suivre vos performances, optimiser vos bénéfices et éviter les mauvaises surprises.
Dans cet article, nous allons vous guider à travers les bases indispensables de la comptabilité pour un site e-commerce.
Comptabilité pour site ecommerce : les fondamentaux
Un site ecommerce répond aux mêmes exigences comptables qu’une autre activité commerciale. Vous ne devrez cependant pas produire les mêmes documents en fonction du statut de votre entreprise :
- Pour une micro-entreprise, vous n’êtes pas dans l’obligation de remplir une liasse fiscale complète.
- Pour toutes les autres formes juridiques (entreprise individuelle, SASU, EURL…), vous devez tenir une comptabilité et donc déposer chaque année une liasse fiscale composée de : un bilan, un compte de résultat, le calcul de votre résultat fiscal et d’autres documents annexes.
Comme toute autre entreprise, vous devez également tenir une comptabilité régulière et fidèle à la réalité de l’entreprise. Cela signifie entre autre que toutes les opérations de l’activité de l’entreprise doivent être enregistrées dans les comptes.
La partie plus “technique” dans la comptabilité d’une activité de vente en ligne concerne les taux de TVA à appliquer et la déclaration de TVA. Nous vous en disons davantage dans la suite de notre article :
La déclaration de la TVA pour son e-commerce en ligne
Concernant la déclaration de la TVA, il existe plusieurs cas de figure dépendant du type de produit de vente (produit ou service) ou encore la localisation du vendeur et du client.
Vos obligations seront de remplir une déclaration en France ou dans un autre pays, utiliser le guichet unique OSS ou encore le guichet unique IOSS.
TVA e-commerce : les différents cas
La vente e-commerce en France
Si vous effectuez une vente entre votre entreprise française et un acheteur français, les mêmes règles s’appliquent. Le taux de TVA varie selon le type de marchandises.
Le taux de 20% s’applique en règle générale mais il existe des taux réduit de 2,1%, 5,5% ou encore 10%.
La vente en ligne à l’international (UE)
Dans le cas de la vente en ligne dans l’Union Européenne, trois grands principes s’appliquent :
- La vente à des particuliers en UE est soumise à la TVA française peu importe le pays dans lequel votre client se situe.
- Cependant, si votre chiffre d’affaires relatif à ce type d’opérations est supérieur à 10 000 euros sur l’année précédente ou l’année en cours, vous devez soumettre vos ventes à la TVA du pays de votre client. Ce seuil concerne tous les pays membres de l’UE.
- Le seuil de chiffre d’affaires de 10 000 euros ne vous concerne pas si vous avez un lieu de stockage dans un état membre de l’UE. Les ventes que vous réalisez sont à soumettre à la TVA de l’Etat dans lequel vous avez un lieu de stockage sans pouvoir recourir au guichet unique TVA. Vous devez donc déposer une déclaration de TVA dans l’état membre concerné.
Pour simplifier les démarches administratives, chaque état membre de l’UE a mis en place un guichet unique pour la déclaration et le paiement de la TVA. L’inscription s’effectue sur le site impots.gouv.fr avant le début du trimestre au cours duquel la première déclaration sera faite ou avant la date de la première prestation. Il est également nécessaire de disposer d’un numéro de TVA intracommunautaire.
Les e-commerçants doivent choisir parmi deux régimes en fonction de leurs activités :
- One-Stop Shop (OSS) : pour les vendeurs en ligne et les interfaces électroniques. La déclaration de TVA devra être effectuée trimestriellement.
- Import One-Stop Shop (IOSS) : pour les ventes à distance de biens importés. La déclaration de TVA devra être effectuée mensuellement.
La vente e-commerce hors UE
Lorsque vous vendez à un client hors Union Européenne, c’est considéré comme une exportation. En principe, votre entreprise est exonérée de TVA sous condition de présentation de preuves d’exportation.
Cependant, le pays de destination peut imposer sa propre TVA ou d’éventuels droits de douane. Nous vous conseillons de bien vous renseigner sur les règles fiscales des pays de vos clients.
La TVA pour les micro-entreprises
Si une micro-entreprise ne dépasse pas le plafond de chiffre d’affaires, elle peut bénéficier du régime de franchise en base de TVA. Elle ne déclare donc pas de TVA.
Attention cependant ! Si elle effectue des achats ou des ventes de marchandises dépassant 10 000 euros par an, elle devra obtenir un numéro de TVA intracommunautaire. C’est obligatoire même si l’entreprise n’est pas redevable de la TVA.
La facturation pour un site e-commerce
Comme toute entreprise, vous devez établir des factures pour justifier d’une vente dans votre comptabilité. Pour être conformes, elles devront inclure les mentions légales en vigueur. Cela comprend notamment :
- La date de la facture.
- Le numéro de la facture.
- La date de la vente ou de réalisation de la prestation.
- L’identité du vendeur et du client.
- Le taux de TVA applicable (si c’est le cas).
Dans le cadre de la vente en ligne, le document doit être édité au moment de l’expédition de la commande et non de la réception du règlement.
💡La facturation électronique arrive à partir de 2026 ! En effet, vous devrez créer et envoyer des factures au format électronique. Un logiciel de facturation vous permettra de créer en un clic des factures conformes.
Expert comptable e commerce : est-ce obligatoire ?
Il n’est pas obligatoire de faire appel à un expert-comptable pour tenir la comptabilité pour son site ecommerce. Cependant, ces démarches administratives peuvent être chronophages.
En effet, vous aurez plusieurs obligations comme l’établissement d’un bilan et d’un compte de résultat. Sans oublier également la déclaration de TVA qui devra prendre en compte les cas mentionnés ci-dessus.
Cela peut vite s’avérer une perte de temps importante et source d’erreurs si vous ne connaissez pas les règles de comptabilité en vigueur.
Un expert-comptable vous garantit de rendre des documents conformes à temps et d’éviter des amendes qui peuvent peser lourds sur votre entreprise.
Choisir un logiciel de comptabilité pour votre e-commerce
En plus d’un expert-comptable, un logiciel de comptabilité vous permet également d’automatiser les tâches chronophages comme l’édition des factures ou encore la transmission des données à votre comptable. Comment choisir votre logiciel de comptabilité pour votre activité e-commerce ? Nous vous donnons différents critères à prendre en compte :
La connexion avec votre plateforme e-commerce
Connecter votre plateforme e-commerce avec votre logiciel de comptabilité vous permet de gagner du temps. En effet, il génèrera automatiquement les factures pour vous et mettra à jour votre stock.
Grâce au logiciel Axonaut, vous pourrez connecter facilement les plateformes Shopify, Prestashop ou encore Woocommerce. Cela aura plusieurs avantages :
- Création automatisée de l’ensemble des factures à chaque vente réalisée.
- Mise à jour automatisée des stocks.
- Centralisation de l’ensemble de votre comptabilité.
Le rapprochement bancaire
La comptabilité pour site ecommerce peut être automatisée au niveau des rapprochements des paiements. Retrouver un paiement, savoir à quelle facture il correspond et tout ceci à temps pour votre comptabilité est un travail de longue haleine !
Axonaut vous permet d’automatiser la gestion de vos paiements clients. En effet, vous pouvez connecter votre compte bancaire en temps réel et rapprocher en un clic une ligne de la facture correspondante.
Un compte professionnel intégré
Un compte bancaire dédié à votre activité professionnelle vous permet de séparer vos dépenses professionnelles et personnelles, simplifiant ainsi votre comptabilité.
Pour faciliter encore davantage le traitement de votre comptabilité, l’intégration de votre compte pro dans votre logiciel de comptabilité est un vrai plus. En effet, grâce à Axonaut :
- Tout est compris dans l’abonnement : 0 frais de tenue de compte ou de cartes bancaires supplémentaires !
- Obtenez les justificatifs rapidement : vos salariés ont des rappels sur les justificatifs à fournir et peuvent les prendre en photo rapidement.
- Payez vos fournisseurs en un clic.
Une interface facile à utiliser
Au delà des fonctionnalités, vos équipes doivent être en mesure de retrouver les informations facilement et rapidement.
Les outils proposent généralement des périodes d’essai. Vous pouvez ainsi essayer et vérifier que l’outil vous corresponde.
Le suivi de la trésorerie
La trésorerie est le nerf de la guerre pour une entreprise ! Un logiciel de comptabilité comme Axonaut vous permet de garder un œil sur votre trésorerie et votre chiffre d’affaires en temps réel.
Afin d’aller encore plus loin dans la prise de décision, vous pouvez créer des prévisionnels de trésorerie et vérifier l’impact de certaines actions sur votre trésorerie.
La connexion avec votre expert-comptable
La période de clôture de l’exercice comptable peut être une véritable épreuve pour les entrepreneurs. Avec un logiciel de comptabilité, vous donnez accès à un portail comptable dédié où votre comptable peut retrouver facilement les informations. Fini les échanges de mails interminables !
La remontée des justificatifs et des factures s’opérera automatiquement grâce à la connexion avec son logiciel de production comptable.
