Logiciel de comptabilité : les 15 meilleurs logiciels (2025)

La gestion comptable est un aspect crucial pour toute entreprise. Un logiciel de comptabilité permet de gagner du temps, d’automatiser certaines tâches et d’assurer une gestion financière efficace et conforme aux obligations légales. Mais face à la multitude d’options disponibles sur le marché, comment choisir la solution la plus adaptée à vos besoins ? Découvrez les 15 meilleurs logiciels de comptabilité ainsi que leurs avantages et leurs inconvénients.

Top 15 des meilleurs logiciels de comptabilité

Axonaut

Axonaut est un logiciel de gestion comptable et administrative tout-en-un conçu pour les TPE, PME et indépendants.

Avantages :

Solution tout-en-un : comptabilité, CRM, facturation, projets, paie, gestion de stock etc.
Rapprochement bancaire automatisé.
Gain de temps avec l’automatisation : facture récurrente, relance automatique des devis et factures impayées, rapprochement bancaire.
Connexion aux outils de production comptable.
Espace gratuit pour votre expert-comptable.

Inconvénients :

Peu adapté aux grandes entreprises et ETI.

Prix : à partir de 20 euros/mois.

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Pennylane

Pennylane est une plateforme française de gestion financière qui combine comptabilité, facturation et trésorerie. Elle est conçue pour offrir une vision en temps réel des finances de l’entreprise et faciliter la collaboration avec vos clients et les experts-comptables.

Avantages :

Interface intuitive et moderne.
Intégration avec de nombreuses banques et outils tiers.

Inconvénients :

Logiciel très complet pour les petites entreprises.
Quelques fonctionnalités importantes non présentes dans le forfait de base (relance automatique de factures et la gestion des notes de frais).

Prix : À partir de 29e

Indy

Indy est un logiciel de comptabilité en ligne destiné aux indépendants, professions libérales et TPE.

Avantages :

Automatisation des tâches comptables répétitives.
Support client réactif et efficace.

Inconvénients :

Fonctionnalités plus limitées. Par exemple, la relance automatique de factures et le paiement par carte bancaire ne sont pas disponibles.

Prix : Gratuit (abonnement plus limitée)

Abby

Abby est un logiciel de comptabilité en ligne spécialement conçu pour les micro-entrepreneurs. Il propose des outils adaptés pour gérer les factures, les déclarations et le suivi comptable.

Avantages :

Interface conviviale et facile à prendre en main.
Support client disponible et français.

Inconvénients :

Uniquement pour les auto-entrepreneurs.
Peu d’intégrations natives avec d’autres logiciels métier comme Shopify.

Prix : Plan de base gratuit (abonnement limitée)

Sage

Sage 100cloud est une solution de comptabilité complète adaptée aux PME. Elle offre des outils avancés pour la gestion comptable, financière et analytique.

Avantages :

Fonctionnalités riches.
Intégration avec d’autres solutions Sage.

Inconvénients :

Courbe d’apprentissage pouvant être longue pour les nouveaux utilisateurs.
Tarifs difficiles à comprendre.

Prix : À partir de 25 € par mois.

EBP

EBP Comptabilité ELITE est un logiciel français offrant des solutions de comptabilité pour les TPE et PME. Il propose des fonctions pour la gestion comptable, les factures et le suivi financier.

Avantages :

Support client basé en France.
Pilotage complet de votre trésorerie et comptabilité.

Inconvénients :

Certaines fonctionnalités avancées peuvent nécessiter des modules supplémentaires payants.
Prix opaques.

Prix : abonnement non spécifié.

Dext

Dext est une solution cloud axée sur l’automatisation de la saisie comptable et la gestion des notes de frais. Elle utilise la reconnaissance de documents pour simplifier la comptabilité de ses clients.

Avantages :

Gain de temps grâce à l’automatisation de la saisie.
Intégration avec les principaux logiciels de comptabilité.

Inconvénients :

Fonctionnalités manquantes comme la relance automatique des factures.

Tarif : à partir de 30 euros.

Cegid Loop

Cegid Loop est une plateforme cloud combinant comptabilité, facturation et gestion commerciale pour les entrepreneurs.

Avantages :

Fonctionnalités complètes sur la comptabilité.
Intégration de l’IA pour l’aide à la décision.

Inconvénients :

Tarifs sur devis.

Tarif : sur devis.

Sellsy

Sellsy est une plateforme française offrant des solutions de comptabilité, facturation, CRM et gestion des ventes, adaptée aux TPE et PME.

Avantages :

Outils intégrés pour une gestion complète de l’entreprise.
Interface moderne et facile à utiliser.

Inconvénients :

Engagement obligatoire et minimum 2 utilisateurs.
Gestion comptable limitée.

Tarif : à partir de 35 euros.

Zoho Books

Zoho Books est un logiciel de comptabilité en ligne proposant la gestion des factures, le suivi des dépenses et la gestion des stocks, adapté aux petites et moyennes entreprises.

Avantages :

Interface intuitive et facile à utiliser.
Intégration facile avec d’autres applications Zoho faciles.

Inconvénients :

Fonctionnalités de gestion des stocks limitées.
Options de personnalisation limitées pour les factures.

Tarif : version gratuite limitée.

Freshbooks

FreshBooks est un logiciel de comptabilité en ligne conçu pour les indépendants et les petites entreprises. Il offre la possibilité de gérer la facturation, le suivi des dépenses et la gestion de projets.

Avantages :

Interface moderne et facile à utiliser.
La gestion du temps passé, qui fait gagner du temps aux entrepreneurs indépendants.

Inconvénients :

Fonctionnalités limitées niveau comptabilité pour le marché français.

Prix : à partir de 7$ (formule limitée).

ExactOnline

ExactOnline est une solution de comptabilité en ligne offrant des fonctionnalités de gestion comptable, facturation et gestion des stocks, adaptée aux PME.

Avantages :

Gestion des stocks complète.
Interface claire.

Inconvénients :

Nécessite d’avoir des connaissances comptables pour paramétrer l’outil.

Prix : À partir de 30 euros.

Evoliz

Evoliz est un logiciel de gestion et de comptabilité en ligne conçu pour les PME et les indépendants. Il offre des outils de facturation, gestion bancaire et rapprochement comptable.

Avantages :

Double certification loi anti fraude à la TVA NF 203 et NF 525.
Facile à prendre en main.

Inconvénients :

Design qui accuse du retard par rapport aux autres concurrents
Moins de flexibilité pour personnaliser l’interface ou les rapports selon les besoins spécifiques de l’entreprise.

Prix : À partir de 20e/mois.

Sinao

Sinao est un logiciel de comptabilité français conçu pour les TPE et indépendants. Il permet la facturation, la gestion des devis et le suivi comptable pour ses clients.

Avantages :

Simple d’utilisation.
Synchronisation bancaire pratique à utiliser.

Inconvénients :

Nombre limité de factures dans chacune des offres.
Version gratuite mais très limitée.

Prix : version gratuite (mais limitée).

iTool

iTool est un logiciel de comptabilité en ligne permettant de gérer la facturation, les écritures comptables et le suivi de trésorerie.

Avantages :

Outil facile à utiliser.
Adapté aux indépendants et TPE.

Inconvénients :

Esthétique moins agréable que certains concurrents.

Comment choisir un logiciel de comptabilité ?

Choisir un logiciel de comptabilité dépend également de la taille de votre entreprise. Une TPE aura besoin de gérer la tenue de la comptabilité alors qu’une grande entreprise aura des besoins plus complexes et personnalisés.

Avant d’essayer les différents outils, vous aurez besoin de définir en amont l’ensemble de vos besoins et attentes. Quelles sont les problématiques dans votre entreprise ? La communication avec votre comptable n’est pas fluide ? Vous avez beaucoup d’impayés clients ? Cela va vous permettre d’établir une liste de fonctionnalités.

Peu importe le secteur d’activité, les fonctionnalités essentielles d’un logiciel de comptabilité sont généralement les suivants :

L’import et l’export de données pour la création de documents comptables : liasse fiscale, bilan, compte de résultat.
La gestion des journaux comptables.
Le rapprochement bancaire : la connexion de comptes bancaires pour rapprocher la ligne de la dépense ou la facture de vente.
La facturation et le suivi des dépenses.
Analyse de la trésorerie avec des tableaux de bord dédiés.

Une fois les fonctionnalités définies, vous pourrez établir précisément un budget. N’hésitez pas à poser les questions sur les coûts cachés au service client !

Enfin, le plus important est d’essayer la solution de gestion d’entreprise pour vérifier s’il répond à votre besoin. Les éditeurs de logiciels proposent des périodes d’essai en règle générale. Vous pouvez également participer à des webinaires ou poser des questions au service client pour tester leur réactivité.

Logiciel de comptabilité gratuit : est-ce une bonne idée ?

Si vous êtes dirigeant d’une TPE ou PME, vous avez besoin d’un logiciel complet avec des fonctionnalités bien précises pour la bonne tenue de votre comptabilité. Ce n’est pas le cas des logiciels gratuits. En effet, ces logiciels proposent peu de fonctionnalités en contrepartie. Même si la gratuité est attractive, vous restreignez vos choix avec un logiciel qui ne répond pas à tous vos besoins en tant qu’entrepreneur.

De plus, en échange d’un accès gratuit, vos données personnelles peuvent être revendues ou utilisées pour des statistiques. Un logiciel payant est tenu de protéger vos données sur des serveurs dédiés.

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Blandine